很多水產養殖的水質問題，總結源頭來講都是因為塘底老化產生的底質問題。所以改善底質惡化，維護好的底質狀態是我們預防水質問題的其中關鍵的一步。如果在清塘，清理底質時候沒有操作好，那么在后期的養殖過程中，水質出現氨氮高，溶氧量低，水質渾濁，水質變黑都是大概率的問題。
俗話說“養魚先養水，養水先養底”，可見池塘底質在水產養殖中的關鍵作用。我們把池塘比作一個生產工廠，那么池塘底部就好比是工廠的垃圾回收站和垃圾處理點。日常投餌浪費的飼料、未被浮游植物利用的肥料、殘余的動植物尸體、動物糞便及其它有毒害物質都積聚在底部形成厚厚的有機污染物。這些有機質在底部被腐敗厭氧菌分解產生有毒害物質，對于養殖動物造成極大的危害。底質的惡化產生的硫化氫、氨氣等有毒氣體進入水體引起水質惡化。同時大量有機質為底泥病原菌提供營養，病原菌借機大量繁殖，加劇魚類的發病。
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底質惡化的原因有哪些？
（1）清塘不徹底，包括清塘使用藥物不當、曬塘時間不充分等。
（2）早期投喂青草過多、使用未發酵的生物肥、投餌量控制不好造成飼料浪費等原因引起池塘底部有機質積累過多，未及時改底，隨著底部“氧債”加劇，底部有害厭氧菌大量繁殖，分解過程產生有毒害物質，引起底部發臭。
（3）大量頻繁的換水、多次大量使用化肥等引起底部板結，池塘保肥功效減弱，易引發渾水難肥等水質問題。
（4）養殖水體過深，水體增氧達不到要求，增氧機安裝位置不當等，引起水體底部溶氧長期不足，底部腐敗發臭。
（5）淤泥過多、長期不清塘等也是引起底部問題的原因。
如何判斷池底是否惡化？
（1）用竹竿等取底泥觀察，若底泥發黑、發臭證明底質腐敗嚴重。
（2）開動增氧機時，聞到臭味，產生的泡沫發黃、發黑、不易消失等表明底部惡化嚴重。
（3）出現從底部向水面冒氣泡、水面大量泡沫，表明底部惡化
（4）水變得濃稠，感覺流動性差，嚴重的下風口有硫化氫氣味等。
（5）水體pH值早晚變化不大。
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解決底質惡化問題的方法？
（1）徹底清塘清理淤泥，為保持良好水質，每隔1-2年應清除250px～500px呈黑色的底泥。池底再經過冰凍日曬，促進有機物質的分解，殺滅病原微生物。
（2）使用生石灰，改變池底酸性環境，減少病原菌的滋生。
（3）徹底解決池塘底質問題還需用生物的方法，恢復池底生態平衡?？墒褂煤猛rem菌，補充池底益生菌、徹底分解底部有機質、競爭性減少病原菌數量等。
（4）其它方法，提高飼料利用率減少浪費、減少青草投喂、施肥不浪費等，從源頭上解決排泄物對底質和水質的污染；防治水草大量生長，及時撈出過多或死亡的水草，以防腐爛變質。
目前的社會正在逼迫養殖業在默默的進行改革，慢慢的走向綠色生態的養殖方向，這就是不斷新技術發展起來的良好環境。微生物發酵飼料技術就是相應而生的，使用 水產EM菌凈化水質，養魚養蝦已經是在全球推廣的養殖技術，最早起源于日本，現在日本的農牧業已經完全普及EM菌的使用，在近十年的中國大型養殖廠通過考察學習，也已經對于這方面了如指掌。
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